環狀RNA芯片定製檢測服務

實驗技術簡介: 環狀RNA (ircRNA) 是區別於(yu) 傳(chuan) 統線性RNA的一類新型RNA,具有閉合環狀結構,大量存在於(yu) 真核轉錄組中。大部分的環狀RNA是由外顯子序列構成，在不同的物種中具有保守性,同時存在組織及不同發育階段的表達特異性。由於(yu) 環狀RNA對核酸酶不敏感，所以比線性RNA更為(wei) 穩定， 這使得環狀RNA在作為(wei) 新型診斷標記物的開發應用上具有明顯優(you) 勢。近來研究顯示，環狀RNA在不同物種中起到miRNA海綿的作用,稱之為(wei) 競爭(zheng) 性內(nei) 源RNA (ceRNA) ， 能競爭(zheng) 性結合miRNA。而與(yu) 疾病關(guan) 聯性miRNA的相互作用說明環狀RNA對疾病的調控起著非常重要的作用。

實驗操作流程:

1、樣品RNA抽提

2、RNA質量檢測

①使用Nanodrop測定RNA在分光光度計260nm、280nm和230nm的吸收值，以計算濃度並評估純度。

②用甲醛電泳試劑進行變性瓊脂糖凝膠電泳，檢測RNA純度及完整性。

③提供RNA QC報告。

3、RNase R處理

4、cDNA/aRNA樣品合成和標記

5、標記效率質量檢測使用Nanodrop檢測熒光標記效率，標記效率合格以保證後續芯片實驗結果的可靠性。

6、芯片雜交

在標準條件下將標記好的探針和高密度基因組芯片進行雜交。

7、圖像采集和數據分析

使用GenePix 4000B芯月掃描儀(yi) 掃描芯片的熒光強度,並將實驗結果轉換成數字型數據保存，使用配套軟件對原始數據進行分析運算。

8、提供實驗報告

①Scanning Image: Cy3熒光掃描圖像;

②Scatter Plot:散點圖，X軸為(wei) Control信號值，Y軸為(wei) Experiment信號值， 表示信號數據總體(ti) 分布趨勢;

③Raw Data:探針的掃描熒光信號強度原始數據;

④Normalized Data:經過統計學方法標準化後數值;

⑤P-value: T-test統計分析顯著差異表達的基因，p-value越小， 該circRNA在兩(liang) 組樣本間差異表達越顯著

⑥significant Up & Down Regulated CircRNA List:顯著差異表達的circRNA列表包含Fold Change, p-valuel以及circRNA的詳細注釋信息(相應的線性mRNA和miRNA結合位點)。

客戶提供:

1、實驗對象為(wei) 組織樣品，取適量(50-100mg) 新鮮組織樣品或正確保存的組織樣品，使用

BioPulverizer TM冰凍粉碎組織，加1m的RNA抽提試劑TRIzol (Invitrogen) ，使用Mini-Bead-Beater-16勻漿後抽提RNA。

2、實驗對象為(wei) 細胞樣品，每份樣品取1x106~ 1x107細胞，加1m的RNA抽提試劑TRIzol (樣品為(wei) 貼壁細胞，每10cm2培養(yang) 皿TRIzo1使用量為(wei) 1ml)，裂解後抽提RNA。

交付標準:

1、芯片檢測數據

2、完整的實驗操作規程、實驗報告(含軟件分析結果)以及實驗材料

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